《时空转抄：纳斯卡》是一部由导演ときたひろこ执导的电影，主要演员包括铃村健一、子安武人、林原惠美、上田祐司等。故事发生在现代日本，男主角馆正成的父母在他11岁那年死于恐怖分子的爆炸事件中，留下了一栋大房子和一大笔遗产。
馆是一个理想主义者，相信世界上所有的不平都可以解决，并决心从教育领域开始改变这个世界。他立志成为一名美术老师。在大学期间，馆参加了一个服务性质的社团，并志愿前往国外参与清除海洋油污工作。在那里，他遇到了女主角桐竹由花，她后来成为自由撰稿人并与馆订婚。
然而，在追求梦想之际，馆面临着叔叔对遗产虎视眈眈的压力。叔叔经常给予金钱支持以劝说他进入自己公司工作。但是馆明白叔叔背后别有用心，并坚决拒绝了他的提议。叔叔注意到馆理想主义而不向强势低头的性格，通过手下请他调查海洋污染的工作。不知情的馆接受了这个任务，却被辐射感染并发现这是叔叔设下的陷阱。
尽管他通过了教师资格考试，但病情严重使他感到绝望。在绝望中，属于前世印加帝国战士亚瓦尔的记忆逐渐苏醒。
另一位男主角三浦恭资在国中时非常反叛，总觉得没有人能够理解自己，并对父母和社会灌输给他的礼仪规范不屑一顾。直到有一天遇见美术兼剑道社指导老师馆正成，他出色的剑道技艺让三浦恭资心服口服，并开始拜他为师学习剑道。
在全国剑道比赛中，由于馆正成异常伤人行为引起了三浦恭资极大担忧。然而三浦并没有觉醒——原来三浦恭资是印加帝国战士比鲁卡在前世。
桐竹由花被杂志社派往秘鲁采访印加帝国的所在地，三浦恭资要求随行，并逐渐发现了自己的前世，但他始终不愿承认。在印加帝国的前世中，比鲁卡原本是被选定作为祭品的孩子。他从小失去了父母，在为救青梅竹马阿古莉亚（桐竹由花的前世）而杀人后被豹神翁沙所救。
祭司们意识到有豹神相助，认为他一定不是普通人，并看出他具备战士天赋，于是请剑术高超的贵族战士亚瓦尔来训练他们。亚瓦尔和比鲁卡因此成为好朋友。
由于太阳神伊列塔瑟力量逐渐减弱，祭司们决定选出一位太阳贞女重新唤起力量。亚瓦尔也爱上了阿古莉雅，但她不幸被选中成为太阳贞女。
作为身份显赫、声名远播的贵族战士，亚瓦尔认为只有嫁给他，阿古莉雅才能得到幸福，因为他自己只是一个身份卑微、孤苦无依的牧童。
基特王国（又称基图）想要夺取伊列塔瑟的力量，于是印加帝国决定出兵平定。亚瓦尔不愿放弃阿古莉雅，但王子瓦思卡尔不允许。亚瓦尔原本是一个小国的王子，在印加帝国被征服后被俘虏。他之所以有今天的身份和名声都归功于瓦思卡尔王子。
比鲁卡被任命为另一位王子亚达瓦帕麾下效命，而亚瓦尔则投入了瓦思卡尔王子的军队中。当比鲁卡得知阿古莉雅被选为太阳贞女后，对亚瓦尔没有保护她的责任感到非常愤怒和失望。
然而事实上，亚瓦尔也无能为力，只能眼睁睁看着自己心爱的人被送上祭坛。经过激战后，塔汪汀苏终于征服了基特王国，但比鲁卡也受了重伤。
这时老王瓦讷卡巴克驾崩，两位王子为争夺伊列塔瑟的力量而爆发内战。然而，在混乱的局势中，亚瓦尔夺取了伊列塔瑟的力量，并意图摧毁这个混乱世界，重新建立他心目中理想的国度。比鲁卡反对并阻止他，两人成为敌人，并最终都牺牲了。
随后恩怨延续至现代，在馆和三浦周围苏醒的那些前世同样是印加帝国战士和神官的人们逐渐觉醒。馆打算再次发动伊列塔瑟的力量毁灭世界，而三浦则试图阻止他。那些觉醒者分别支持两者行动，并形成敌对阵营展开斗争。
在三浦恭资面临与比鲁卡、自己恩师之间杀与不杀之间的冲突中，他将如何解除这场危机呢？...
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